Questo piatto ebbe origine nel periodo in cui Gallipoli, città marinara, era costretta a subire gli assedi da parte degli ottomani.
Per resistere agli assedi era necessario rifornirsi di cibo da conservare a lungo ma il pesce, abbondante nel mare intorno alla città, poco si prestava a questo uso se non trattato. Cosi nasce la scapece, infatti il componente principale della scapece è il pesce che viene fritto e fatto marinare tra strati di mollica di pane imbevuta con aceto e zafferano all'interno di tinozze di legno o terracotta. Lo zafferano dona al piatto il colore giallo che lo rende caratteristico.
Oggi nei ristoranti salentini la scapece viene servita come specialità ed è un prodotto tipico delle feste patronali .